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苹果和橙子是最受欢迎的水果之一，因为它们具有营养、风味和方便性。每种水果，无论其品种如何，都有相当长的保质期，并且在正常条件下被认为是坚固的。然而，作为有机物，苹果和橙子在许多条件下都会腐烂。
受伤
当施加压力时，苹果的细胞结构会破裂，从而导致瘀伤。瘀伤开始腐烂过程。橘子也容易受伤，即使它们的果皮特别厚。昆虫或极端条件可能会在树上造成伤害。吸水过多会导致不再生长的水果表皮开裂。收获后的伤害通常是由于处理不当、储存不当或昆虫造成的。
真菌和疾病
德克萨斯 A&M 大学指出，不同品种的苹果会遭受不同的真菌或疾病，例如苹果黑星病、水泡斑和苦腐病。褐腐病和黑腐病是一种真菌，通常是苹果还在树上时受伤的结果。华盛顿州立大学警告说，受感染的水果虽然经过适当冷藏，但在以后将苹果转移到温度较高的地方时，仍可能会发生活跃的腐烂。据运输信息服务 (TIS) 称，橙子会长出蓝霉病，也称为贮藏腐烂，是“柑橘类水果最可怕的贮藏病害”。 “真菌孢子穿过小伤口”，并通过接触从一种水果转移到另一种水果。
昆虫
一旦昆虫刺穿水果的果肉，腐烂过程就开始了。在苹果生长期间影响苹果的昆虫包括红螨、苹果蠹蛾和苹果蛆，而橙子的问题昆虫包括蚜虫和粉虱。地中海果蝇钻入橙子，导致腐烂并为果蝇提供产卵的场所。 TIS 指出，国际检疫对这种昆虫有效，要求销毁所有受影响的水果。
湿度过大
苹果和橙子都需要干燥储存，以防止腐烂。湿度过大会促进细菌和霉菌的生长，从而渗入皮肤。在运输过程中，TIS 指出必须保护水果免受各种形式的水分，包括冷凝，因为所有水分“促进绿色和蓝色霉菌和黑腐病”。
通风不足
苹果和橙子散发出的气体有助于原始水果和附近其他水果的成熟过程。即使在收获果实后，它仍会继续“呼吸”氧气并排放二氧化碳和/或乙烯气体。据弗吉尼亚州苹果委员会称，苹果会产生乙烯气体，可用于帮助其他水果更快成熟。 TIS 建议保持“持续供应新鲜空气”，否则“由于无氧呼吸，柑橘类水果会在几小时内开始发酵”，导致水果腐烂。
温度过高
虽然很少见，快速的温度波动会在树上损坏苹果和橙子，但最大的威胁发生在运输和储存期间。苹果需要凉爽的温度才能储存，并且在冷藏条件下效果很好。根据俄亥俄州立大学推广部的说法，橙子对冷很敏感，但只要果肉温度不低于华氏 36 度，就可以承受冷藏。这两种水果都会受到细胞损伤，并在进入冰冻温度或过热后开始腐烂。
